主要区别在于：地址、车站代码、建设时间、建筑面积、站台规模。
1、具体地址不一样
昆明站位于昆明市官渡区北京路1号。
昆明南站位于昆明市呈贡区吴家营街道白龙潭山脚之西。
2、车站代码不一样
昆明站代码为48197。
昆明南站代码为48794。
3、建设时间不一样
昆明站于1966随着贵昆铁路的通车启用，2004年12月28日新客站扩建工程竣工，2005年1月1日正式投入运营。
昆明南站于2011年6月20日开建；2015年12月，车站站房主体工程完工；2016年12月28日，车站正式投入使用。
4、建筑面积不一样（截至2016年12月）
昆明站建筑面积为25000平方米。
昆明南站建筑面积为33.47万平方米。
5、站台规模不一样（截至2016年12月）
昆明站站台规模为6台12线。
昆明南站站台规模为16台30线。