一、看到的细胞结构不同
电子显微镜能够看到细胞的亚显微结构，光学显微镜能够看到细胞的纤维结构。
二、结构组成不同
电子显微镜主要由镜筒、真空装置和电源柜等组成，光学显微镜主要由物镜、目镜、反光镜和聚光器等组成。
三、分类不同
电子显微镜按结构和用途可分为透射式电子显微镜、扫描式电子显微镜、反射式电子显微镜和发射式电子显微镜等，光学显微镜按目镜的数量可分为三目显微镜和双目显微镜等，按图像立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜，按观察对像可分为生物和金相显微镜等，按光学原理可分为偏光、相衬和微分干涉对比显微镜等。
